انسان‌ها با از بین بردن جنگل‌ها و وارد کردن خواسته و ناخواسته جانوران و گیاهان متعدد محیط طبیعی این جزیره را برهم زده و بسیاری از گونه‌های آن را به انقراض کشاندند. پرندگان نیوزیلند بیشترین آسیب را دیدند چراکه آن‌ها میلیون‌ها سال بدون حضور پستانداران تکامل یافته و فاقد ترفندهای دفاعی برای حفاظت از خود، جوجه‌ها و تخم‌هایشان در مقابل شکارچیانی چون سگ، گربه، راسو و موش بودند. به این ترتیب ۱۱۵ نوع پرنده یعنی حدود نیمی از پرندگان نیوزیلند به کلی منقرض شده و از باقیمانده‌ها نیز برخی فقط در جزایر دور از ساحل زندگی می‌کنند و برخی هم محدود به مناطق حفاظت‌شده خاصی هستند. پرنده‌های غول‌آسای موآ که ده گونه مختلف داشتند و نقش آن‌ها در زنجیره غذایی شبیه به نقش گوزن و گاو در نقاط دیگر دنیا بود و عقاب هاست که دو برابر بزرگترین عقاب‌های امروزی اندازه داشت و شکارچی رأس هرم غذایی این جزیره محسوب می‌شد از نخستین پرندگانی بودند که به دست انسان منقرض شدند. وجود خزندگان باستانی و دوزیستان غیرعادی از دیگر مشخصات حیات وحش بومی نیوزیلند است. سوسمار پل‌دماغی بسیاری از ویژگی‌های دایناسورهای و خزندگان باستانی را حفظ کرده‌است. بی مهرگان این سرزمین هم تنوع بالایی دارند. وتا بزرگترین حشره زمین که طول تن آن به ۷ سانتیمتر می‌رسد از دیگر جانوران منحصر بفرد نیوزیلند است. امروزه بیشتر نیوزیلند بر اثر کشاورزی، جنگل‌زدایی و به‌طور کلی فعالیت‌های انسانی تغییر شکل داده‌است. هرچند مناطق بزرگی نیز تحت حفاظت قرار گرفته‌اند و تلاش‌هایی برای حفاظت و احیای اکوسیستم بومی انجام شده‌است. به ویژه در جزیره جنوبی که تراکم جمعیتی بسیار کمی دارد.